Questa scuola è indubbiamente considerata la più grande istituzione laica di Venezia. Contemporanea alla più antica Scuola della Carità, il cui anno di fondazione è il 1261, la Scuola di S. Giovanni Evangelista ricevette la massima notorietà allorquando, nel 1360 il Guardian Grande della Confraternita, Andrea Vendramin, ricevette da uno dei massimi funzionari del Regno di Cipro , la reliquia della SS. Croce a lui pervenuta dal patriarca di Costantinopoli.
Grazie a questa donazione la Confraternita assunse un prestigio ed una fama fino ad allora sconosciute, tanto che i fedeli presero il pubblico impegno morale di rendere l'edificio all'altezza del tesoro in esso conservato,
Le straordinarie sale delle gallerie dell'Accademia ospitano alcune delle meravigliose opere dedicate alla SS. Croce: Processione della Croce in P,zza S.Marco, il Miracolo della Croce di Ponte di S. Lorenzo, di Gentile Bellini, ed il miracolo della reliquia della croce di Vittore Carpaccio, le quali, oltre che al significato profondamente religioso che esprimono, impressionano per l'estrema nitidezza con cui ci regalano spaccati della vita veneziana di allora.
Parimenti alle vicende artistiche procedettero quelle architettoniche ed intorno al 1415 la Scuola era praticamente finita.
A Bartolomeo Bon è da accreditarsi il magnifico portale marmoreo sormontato da un lunettone…
